氧化纤维素晶体建模问题

今天终于把charmm力场氧化纤维晶体的建模问题搞定了,其实对于其他力场也大同小异。
还是LAMMPS自带的建模功能牛逼。码住,这个得好好写写!

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VASP计算Bader电荷方法

什么是Bader电荷?

一个分子中,电荷在分子所占据的空间中并不是均匀分布的。在每两个原子之间,电荷密度分布不均匀同时越是靠近原子,电荷密度会显著提高。因此,两个较大的数值之间存在一个极小值,这个极小值就是把原子分开的界限。一个原子周围的极小值点会形成一个封闭的区域这个区域可以用来划分分子中的原子,这个区域中的电荷综合就是Bader电荷。(VASP中使用赝势,因此所计算的电荷总和是当前化学环境中的所有“价层”电子总和)

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关于力场文献查找
[一个友情建议

现在网上有越来越多的lammps案例出现,包括我们公众号提供的一些案例,但是新手学习使用这些案例的时候要记得甄别,搞清楚哪些案例是有文献参考的,哪些是没有的,千万不要想都不想就拿来直接算自己的科研任务,因为有些案例可能是作者随手一写,帮助理解命令的,并没有什么科学含义。

如果你直接拿去用,那么写文章时,很可能会被审稿人问:

“你做的方法(用的势)好像和某某,不一样,为什么”

这个问题你细品…是不是很危险,你应该不会发个公众号网址给审稿人,告诉他,你是按照这个网上内容来做的吧[憨笑]

简而言之,新手做科研的时候最好是参考文献去做,且先不管结论如何,过程还是要有理有据才好。](http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MTE1MzMxMw==&mid=2247488120&idx=1&sn=8e0f6cba7f2013c825053e8d7b3cd1c0&chksm=ce1a2336f96daa20dff321a60f9efa5aa6dc9c2efb146448bc9fc8e92bff8cf9d8fadcebc3a1#rd)
关于用LAMMPS计算自由能
[祝各位老师同学,新年快乐,万事如意,多发paper[呲牙]

祝各位编辑和审稿人新年快乐,万事如意,多给点accepted憨笑]
Mishin大神教你用机器学习构建势
LAMMPS官方最新“综述”
代码分享:Phonon-Vibration-Viewer
OVITO。。。。不做图系列(1)
国外博士论文推荐:实验+模拟(含多个LAMMPSin文件)
视频教程:OVITO制作原子运动轨迹
Ovito做图系列(8)
国外学位论文推荐:压缩、拉伸以及剪切的MD模拟(含LAMMPS输入文件)
本公众号关注人数今天正式破万,特此记录下,感谢各位老师同学的关注和支持了[抱拳][抱拳]
赶紧保存收藏:计算声子参与率的代码
YouTube高赞MD模拟:一个简单又复杂的高压结晶模拟
文献推荐:势参数拟合的挑战和策略
2021年末总结
理论+实验=?
计算机模拟:生化环材研究生的自我救赎之道(自学模拟经验谈)
关于力场参数的选取
不敢稍忘,不能稍忘
赶紧收藏:Simon Gravelle 大神最新教程
PPT必备:中国传统颜色的网站
简单模拟,深入分析
赶紧收藏:又一个含有众多LAMMPS案例的网页
AACSD:国产晶体结构、缺陷分析软件
如何随机删除特定类型的原子
新手荐读:使用tersoff势计算硅碳热导率
LAMMPS网站打不开怎么办
周末欣赏Simon Gravelle大神最新教程(含原始in文件)
赶紧收藏:V-CoCrFeMnNi六元合金势函数
OVITO作图系列(小结)
LAMMPS案例收集:聚合物拉伸
ovito作图系列(7)
关于检验力场参数的重要性
LAMMPS案例收集: coarse-grained lipid bilayer membrane simulations
关于结构
MPDI Coatings (IF: 2.881) 特刊征稿
Nature子刊:加速高熵合金的设计(速度远超mcsqs,含源码)
LAMMPS里面的一个隐藏小BUG
如何把部分区域里面的某一类原子选出来
关于OVITO里面的渲染功能
for their discoveries of receptors for temperature and touch
OVITO作图系列(6)
关于表面能计算
随即替换法生成大量高熵合金模型然后找寻其中能量最低的构型
关于弛豫
如何搜索我们过去的文章
还在实验室的MDer们怎么过中秋?
赶紧收藏:github上LAMMPS案例收集
OVITO作图系列(5)
[不忘历史烽烟起

心中长鸣警钟声

勿忘国耻](http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2MTE1MzMxMw==&mid=2247487455&idx=1&sn=246debffac62b8dfcea4592920f3bf80&chksm=ce1a3e91f96db7873342bc259bd22b866aba6f3f7d7cea415f4d8b10045b492594e264f1721b#rd)
赶紧收藏:SCIENCE子刊教你用LAMMPS算自由能
Simon Gravelle大神最新教程:教你用vmd做高分辨图
赶紧收藏:最新L-J势参数以及最全的原始计算文件
5年实验+3年模拟:纳米孔道钨薄膜中的氦行为研究
根据金属Fe, Ni, Pb以及Cr实验熔点拟合的L-J势参数
最新合金势的测试结果
赶紧收藏:最新合金势函数
一个重复文献经常遇到的坑(3)
CascadesDB:辐照模拟数据库
OVITO处理RDF数据步骤
赶紧收藏:两个冲击实例
七夕:LAMMPS送你一颗小“心心”
一个无厘头报错的解决方案
编制石墨烯的建模
2021年LAMMPS官方workshop开始
文献精读:Graphene拔出的分子动力学模拟-Graphene几何形状的影响
LAMMPS案例收集:Lammps-shear-viscosity-calculation
香港中文大学许建斌教授博士招生
重复文献需要注意的地方之力场参数的确定
赶紧收藏:又一个包含众多LAMMPS实例的网站
Nonequilibrium free-energy calculations of fluids using LAMMPS
(重发一次)赶紧收藏:一个包含众多LAMMPS实例的网站
赶紧收藏:一个包含众多LAMMPS实例的网站
LAMMPS学习系列(43)
一款直接帮你训练拟合出一个LAMMPS可以读取的eam/meam势文件的软件
建模小技巧(3)根据cif文件在in文件中写建模命令
最新谱分解代码
如何在模拟过程中统计区域内原子数目的变化
从复杂模型的构建小结LAMMPS基础命令的常用用法
in文件搜集:Si-Ar-Si heat transfer example
周末,听一首高熵合金神曲
中国AI论文,爆了!
一个重复文献时经常遇到的坑(2)
2021材料大会LAMMPS相关海报(3)
2021材料大会LAMMPS相关海报(2)
2021材料大会LAMMPS相关海报(1)
ovito作图系列(4)之党徽动画制作
让我们用MDer的方式给党庆生
又一本材料类新刊
ovito作图系列(3)
(py)LIon: A package for simulating trapped ion trajectories
一个常见问题的解决方案(补充)
值得收藏:一个包含多个碳纳米管生成器以及各种富勒烯模型的网址
karl大神课题组网站(提供了一些与LAMMPS相关的小工具)
无需后处理,karl大佬教你缺陷模拟分析一步到位
樊哲勇老师在线讲CUDA编程
赶紧收藏:一个包含大量in文件的github
关于牛顿层、恒温层以及固定层
关于LAMMPS中的固定操作
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赶紧收藏:又一个包含in文件的教程网站
一个重复文献时经常遇到的坑
受控分子动力学(smd)
Lammps经验谈之追踪个别原子运动轨迹
初步了解LAMMPS的Makefile
赶紧收藏:最新的高熵合金势(LAMMPS可以直接用)
注释版in文件:polyurethane_aluminum_interface
孪晶多晶建模
便利运行lammps的方法——在windows下鼠标右键直接运行in文件的办法
INTEL加速教程及GPU加速补充
lammps_interface MOF的自适配拓扑结构和力场转换开源工具
赶紧收藏:4个经典LAMMPS例子
ovito作图系列(2)
平均力势(PMF)简介
正6边形多晶试样建模(LAMMPS版)
正6边形多晶试样建模(atomsk版)
又一款帮助构建相互作用势的工具
ovito作图系列(1)
一个常见问题的解决方案
in文件:Coarse Grained Water Simulation
Energy vs Lattice
Molecular dynamics simulations of iron-cementite nanoparticles
MS构建水分子层并修改为lammps可读取的data文件的详细步骤
JAMIP:一款国产开源功能材料设计软件包
推荐一篇做切削的博士论文(含in文件)
LAMMPS初学者教程(小结)
值得收藏:利用LAMMPS+Phonopy计算声子谱
注释版in文件:Intrinsic-Stacking-Fault-Energy
MS vs MD
in文件:Intrinsic-Stacking-Fault-Energy
从python代码学MD(2)
从python代码学MD(1)
in文件:Silicon High Temperature Nano-indentation via LAMMPS
LAMMPS计算多晶Ni的杨氏模量(3)
LAMMPS计算多晶Ni的杨氏模量(2)
LAMMPS计算多晶Ni的杨氏模量(1)
向英雄致敬
赶紧收藏:一个获取LJ势参数的网站
建模小技巧(2)
GRO2LAM:gromacs与lammps之间的转换工具
OVITO:Python Script Modifier
值得收藏:建模软件介绍(2)
LAMMPS完成reaxff模拟后统计产物分子
python学习之创建LAMMPS可读取的晶体结构模型
赶紧收藏:一个给出了每篇文章后面的in文件和python代码的课题组网站
赶紧收藏:一个包含大量in文件和处理脚本的网站
聚合物建模软件Packmol的使用简介
python学习之创建LAMMPS可读取的随机原子模型
Pytim: A python package for the interfacial analysis
VMD视频教程
深度好文:怎么用lammps输出原子速度计算声子谱
Using Ovito to Analyze a MD Simulation for Dislocation Velocity
纳米压痕模拟中输出Force-depth图
AMD Zen2架构处理器性能调优
一个可以批量读取log文件信息的软件(修正重新发布)
Building metal alloy for LAMMPS using Atomsk
in文件:Ice melting simulation
代码学习:几个结构文件的转换脚本
建模专题(小结)
LAMMPS经验谈(小结)
DPD of surfactant self assembly using LAMMPS
原子间相互作用势函数理论模型与拟合方法简介
一个有趣的建模软件
新年第一个MD视频
NEMD遇到了热流不稳定,温度梯度不够好,能量不守恒该怎么办?
LAMMPS命令建模的一个小BUG
分子动力学后处理——TiNi原子结构的多种判别方法
使用OVITO进行原子类型随时间变化的统计
Python scripts for performing hybrid Monte Carlo with LAMMMPS
PyLAT: Python LAMMPS Analysis Tools
Reaxff力场文件获取途径
lammps命令建模示例(6)
LAMMPS学习系列(42)
建模小技巧(一)
最新的三元合金势函数
一个很好的Matplotlib实操总结
in文件:Polymer reptation (Lammps simulation)
一个构建多晶的小软件
王延颋老师的LAMMPS教程PPT
Materials Studio多层聚合物的构建及data文件导出
Materials studio中的简单聚合物的建立及盒子的弛豫
LAMMPS计算平衡晶格常数
LAMMPS计算体积热容量
LAMMPS模拟磁控溅射材料生长的in文件
高熵合金中的mcsqs建模流程
使用Lammps对原子体系进行XRD分析
势参数拟合初探
推荐一款帮助拟合MEAM势参数的软件
据说很多高熵合金的势文件是这么来的~
一个镍微柱单轴压缩的in文件及注释
一个可以批量读取log文件信息的软件(适合LAMMPS新手)
in文件:Crumpling of a Graphene sheet
唯美的MD动画欣赏(双节快乐)
LAMMPS-DSMC学习
lammps内置的MC指令-获得成分稳定的初始构型
fix atom/swap command的详解
一个欢快的MD模拟(A molecule’s eye view of ice melting)
什么?你的模拟体系又崩了?
在deepin15下的安装带gpu加速的LAMMPS(听说GPU加速很香)
LAMMPS Nanoindentation Tutorial
经典MD模拟(盐溶于水)
我们组的第一篇Matter:晶界和C纳米管联合作用提高核材料性能
纳米压痕详细教程
一个动画带你了解fix balance命令
推荐:pdb2data模型数据转换工具—— Matlab + packmol的小分子体系建模方法
有趣的MD模拟(二)
Lammps使用经验谈之MATLAB后处理接口(勘误)
一个有趣的MD模拟
LAMMPS学习系列(41)
水分子模型汇总网站(包含in文件,力场文件等)
经典MD模拟
最新版deepmd(包含支持多个包的预编译的LAMMPS)
High-Resolution Space Group Diagrams and Tables
lammps命令建模示例(5)
MD炫酷视频欣赏
LAMMPS example:Pour
3D Peridynamic simulation的in文件
MD炫酷视频
无法理解物理定律?看看这个
声子谱计算的in文件
推荐:不同金属钨势函数的测评
一个古老的构建位错环的MD代码
fix phonon命令中map_file文件的获取
LAMMPS计算声子谱相关程序的下载地址
LAMMPS学习系列(40)
LAMMPS官方教你使用minimize
樊哲勇老师热导率教程的下载链接
LAMMPS学习系列(39)
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LAMMPS命令构建分子模型
关于Deepmd软件的安装
【DP系列教程-01】如何在5分钟之内setup一个DeePMD-kit训练
利用matlab快速将log文件信息保存在矩阵中
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OVITO中Displacement vectors的用法
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如何从曲线图中提取数据点?看看这个吧~
有机小分子/大分子(原子数小于200)的OPLS-AA力场参数获取方法(4)
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有机小分子/大分子(原子数小于200)的OPLS-AA力场参数获取方法(3)
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找力场对应的文献很难?看看这里~
一个更为全面的单位转换工具
有机小分子/大分子(原子数小于200)的OPLS-AA力场参数获取方法(2)
有机小分子/大分子(原子数小于200)的OPLS-AA力场参数获取方法(1)
注释版模拟吸附原子表面扩散的in文件
模拟吸附原子表面扩散的in文件
OVITO中文版手册
做润湿的可以看看这篇JPCL
LAMMPS命令建模模板的完善(有修正)
一个OVITO的小技巧~
LAMMPS构建金刚石切铜的初始模型
坚守20年,终登Science
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LAMMPS学习系列(38)
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LAMMPS学习系列(15)
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LAMMPS学习系列(1)
LAMMPS学习系列
Space Charge Effects
Surface Field Emission in 2D Materials
Electron Emission(bulk and 2D materials)
ERROR: Bond atoms xxxx xxxx missing on proc x at step xx
NEMD过程 热源冷源有一端温度不下降或不上升
Relaxation时在NVE系综下,total energy 一直上升的问题 2.0
relaxation时在NVE系综下,total energy 一直上升的问题
NEMD 温度梯度不正常或者Fix ehex kinetic energy went negative

Bulk amorphous polymer模型的建立
CHARMM-GUI构建简单聚合物的lammps模拟文件(charmm力场)
Chain Alignment Parameter (链取向参数)
Cu-Ni FGMs (Cu-Ni梯度合金的原子建模)
GOPY:构建石墨烯的二维计算模型
Glass Transition Temperature
Glass Transition Temperature — MD simulation
Graphene-Polymer-Graphene模型
Graphene-Polymer-Graphene模型
Graphene-Polymer-Graphene模型(1)
Graphene-Polymer-Graphene模型(1)
Graphene拔出的分子动力学模拟-Graphene几何形状的影响
HOOMD-blue:用于高性能分子动力学和硬粒子蒙特卡罗模拟的Python包
LAMMPS —— fix/deform
LAMMPS多任务运行
LAMMPS常见错误— data 文件的格式
LAMMPS模拟案例:受限于石墨烯纳米缝中的水
LJ unit (Reduced Unit)
LiPyphilic: 用于脂质膜模拟分析的Python工具包
LigParGen & Tinker —— OPLS-AA力场
MARTINI 生物分子(及传统polymer)力场
MDTraj:Python包,用于处理、分析分子动力学轨迹
MD_Macromolecules
MD_Macromolecules
Magic —— 多尺度建模软件包
Microstructural Rheology and Mesoscale Modeling — 康奈尔大学Joo课题组
Nanopillar surface wetting —— 基底的建模
Nature Materials文献推荐:Computational materials design
Notepad++ 高亮显示LAMMPS文件
PPT实现文章高分辨率配图
PS粗粒化模拟——机械性能研究
Peptoid Nanosheets —— Modeling
Polymer Nanoparticle Model
Polymer+Particle复合材料体系建模(Python)
PyLAT: Python LAMMPS分析工具
Pysimm — 一个研究分子系统模拟的python包
Python包—生成聚合物AA和CG模拟的输入参数和坐标
Python生成polymer+ion体系,用于LAMMPS模拟
Random_Walk Polymer模型
Random_Walk Polymer模型(2)
Random_Walk Polymer模型(2)
Random_walk PE and Graphene层状复合材料(4)
Random_walk PE 聚合物-石墨烯复合材料模型(3)
Random_walk PE 聚合物-石墨烯复合材料模型(3)
SHAKE algorithm —— LAMMPS
VMD构建CNT,Graphene的LAMMPS data文件
VOTCA —— 分子模拟+粗粒化建模
分子模拟结果分析(1):Persistent Homology —— HomCloud
多晶和梯度多晶的建模
强烈推荐,值得收藏: C,Si材料的粗粒化势函数和LAMMPS模拟文件
排除体积 —— Excluded Volume
文献分享: 用于合成聚合物建模和仿真的CHARMM-GUI聚合物生成器
文献推荐:材料模拟概述
文献解读:不同层数和层间距Cu/Ni复合材料的分子模型构建
文献解读:石墨烯厚度和长度分布对石墨烯网络力学性能的影响——粗粒分子动力学模拟
文献解读:碳纳米管增强铜纳米复合材料的拉伸响应:分子动力学模拟
文献解读:碳纳米管增强铜纳米复合材料的拉伸响应:分子动力学模拟
文献解读:碳纳米管增强铜纳米复合材料的拉伸响应:分子动力学模拟
材料计算课题组
石墨烯气凝胶力学性能和断裂行为的分子模拟研究
石墨烯的粗粒化模型—1:孔片状石墨烯泡沫单轴超压缩和恢复行为的CGMD研究
石墨烯的粗粒化模型—1:孔片状石墨烯泡沫单轴超压缩和恢复行为的CGMD研究
石墨烯的粗粒化模型—2:石墨烯的粗粒化模型及其在复合材料中的应用
石墨烯的粗粒化模型—2:石墨烯的粗粒化模型及其在复合材料中的应用
石墨烯的粗粒化模型—3:Cu/Graphene复合材料的分子模型构建
碳材料势函数(Interatomic potentials for carbon)
碳纳米管(Carbon Nanotube, CNT)的粗粒化模型
纳米材料建模器:CHARMM-GUI
编制石墨烯的建模
薄膜厚度和界面效应对聚合物薄膜动力学的影响
铜/碳纳米管原子模型的构建
铜/碳纳米管原子模型的构建
隐式溶剂,以及溶剂质量调控
非晶聚乙烯(Polyethylene, PE)的单轴拉伸模拟