Bulk amorphous polymer模型的建立
CHARMM-GUI构建简单聚合物的lammps模拟文件（charmm力场）
Chain Alignment Parameter （链取向参数）
Cu-Ni FGMs （Cu-Ni梯度合金的原子建模）
GOPY：构建石墨烯的二维计算模型
Glass Transition Temperature
Glass Transition Temperature — MD simulation
Graphene-Polymer-Graphene模型
Graphene-Polymer-Graphene模型
Graphene-Polymer-Graphene模型（1）
Graphene-Polymer-Graphene模型（1）
Graphene拔出的分子动力学模拟-Graphene几何形状的影响
HOOMD-blue：用于高性能分子动力学和硬粒子蒙特卡罗模拟的Python包
LAMMPS —— fix/deform
LAMMPS多任务运行
LAMMPS常见错误— data 文件的格式
LAMMPS模拟案例：受限于石墨烯纳米缝中的水
LJ unit （Reduced Unit）
LiPyphilic: 用于脂质膜模拟分析的Python工具包
LigParGen & Tinker —— OPLS-AA力场
MARTINI 生物分子（及传统polymer）力场
MDTraj：Python包，用于处理、分析分子动力学轨迹
MD_Macromolecules
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Magic —— 多尺度建模软件包
Microstructural Rheology and Mesoscale Modeling — 康奈尔大学Joo课题组
Nanopillar surface wetting —— 基底的建模
Nature Materials文献推荐：Computational materials design
Notepad++ 高亮显示LAMMPS文件
PPT实现文章高分辨率配图
PS粗粒化模拟——机械性能研究
Peptoid Nanosheets —— Modeling
Polymer Nanoparticle Model
Polymer+Particle复合材料体系建模（Python）
PyLAT: Python LAMMPS分析工具
Pysimm — 一个研究分子系统模拟的python包
Python包—生成聚合物AA和CG模拟的输入参数和坐标
Python生成polymer+ion体系，用于LAMMPS模拟
Random_Walk Polymer模型
Random_Walk Polymer模型（2）
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Random_walk PE and Graphene层状复合材料（4）
Random_walk PE 聚合物-石墨烯复合材料模型（3）
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SHAKE algorithm —— LAMMPS
VMD构建CNT，Graphene的LAMMPS data文件
VOTCA —— 分子模拟+粗粒化建模
分子模拟结果分析（1）：Persistent Homology —— HomCloud
多晶和梯度多晶的建模
强烈推荐，值得收藏： C，Si材料的粗粒化势函数和LAMMPS模拟文件
排除体积 —— Excluded Volume
文献分享: 用于合成聚合物建模和仿真的CHARMM-GUI聚合物生成器
文献推荐：材料模拟概述
文献解读：不同层数和层间距Cu/Ni复合材料的分子模型构建
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材料计算课题组
石墨烯气凝胶力学性能和断裂行为的分子模拟研究
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碳材料势函数（Interatomic potentials for carbon）
碳纳米管(Carbon Nanotube, CNT)的粗粒化模型
纳米材料建模器：CHARMM-GUI
编制石墨烯的建模
薄膜厚度和界面效应对聚合物薄膜动力学的影响
铜/碳纳米管原子模型的构建
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隐式溶剂，以及溶剂质量调控
非晶聚乙烯(Polyethylene, PE)的单轴拉伸模拟
作者: 得意喵~