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Bulk amorphous polymer模型的建立
CHARMM-GUI构建简单聚合物的lammps模拟文件(charmm力场)
Chain Alignment Parameter (链取向参数)
Cu-Ni FGMs (Cu-Ni梯度合金的原子建模)
GOPY:构建石墨烯的二维计算模型
Glass Transition Temperature
Glass Transition Temperature — MD simulation
Graphene-Polymer-Graphene模型
Graphene-Polymer-Graphene模型
Graphene-Polymer-Graphene模型(1)
Graphene-Polymer-Graphene模型(1)
Graphene拔出的分子动力学模拟-Graphene几何形状的影响
HOOMD-blue:用于高性能分子动力学和硬粒子蒙特卡罗模拟的Python包
LAMMPS —— fix/deform
LAMMPS多任务运行
LAMMPS常见错误— data 文件的格式
LAMMPS模拟案例:受限于石墨烯纳米缝中的水
LJ unit (Reduced Unit)
LiPyphilic: 用于脂质膜模拟分析的Python工具包
LigParGen & Tinker —— OPLS-AA力场
MARTINI 生物分子(及传统polymer)力场
MDTraj:Python包,用于处理、分析分子动力学轨迹
MD_Macromolecules
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Magic —— 多尺度建模软件包
Microstructural Rheology and Mesoscale Modeling — 康奈尔大学Joo课题组
Nanopillar surface wetting —— 基底的建模
Nature Materials文献推荐:Computational materials design
Notepad++ 高亮显示LAMMPS文件
PPT实现文章高分辨率配图
PS粗粒化模拟——机械性能研究
Peptoid Nanosheets —— Modeling
Polymer Nanoparticle Model
Polymer+Particle复合材料体系建模(Python)
PyLAT: Python LAMMPS分析工具
Pysimm — 一个研究分子系统模拟的python包
Python包—生成聚合物AA和CG模拟的输入参数和坐标
Python生成polymer+ion体系,用于LAMMPS模拟
Random_Walk Polymer模型
Random_Walk Polymer模型(2)
Random_Walk Polymer模型(2)
Random_walk PE and Graphene层状复合材料(4)
Random_walk PE 聚合物-石墨烯复合材料模型(3)
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SHAKE algorithm —— LAMMPS
VMD构建CNT,Graphene的LAMMPS data文件
VOTCA —— 分子模拟+粗粒化建模
分子模拟结果分析(1):Persistent Homology —— HomCloud
多晶和梯度多晶的建模
强烈推荐,值得收藏: C,Si材料的粗粒化势函数和LAMMPS模拟文件
排除体积 —— Excluded Volume
文献分享: 用于合成聚合物建模和仿真的CHARMM-GUI聚合物生成器
文献推荐:材料模拟概述
文献解读:不同层数和层间距Cu/Ni复合材料的分子模型构建
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文献解读:碳纳米管增强铜纳米复合材料的拉伸响应:分子动力学模拟
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材料计算课题组
石墨烯气凝胶力学性能和断裂行为的分子模拟研究
石墨烯的粗粒化模型—1:孔片状石墨烯泡沫单轴超压缩和恢复行为的CGMD研究
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石墨烯的粗粒化模型—2:石墨烯的粗粒化模型及其在复合材料中的应用
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石墨烯的粗粒化模型—3:Cu/Graphene复合材料的分子模型构建
碳材料势函数(Interatomic potentials for carbon)
碳纳米管(Carbon Nanotube, CNT)的粗粒化模型
纳米材料建模器:CHARMM-GUI
编制石墨烯的建模
薄膜厚度和界面效应对聚合物薄膜动力学的影响
铜/碳纳米管原子模型的构建
铜/碳纳米管原子模型的构建
隐式溶剂,以及溶剂质量调控
非晶聚乙烯(Polyethylene, PE)的单轴拉伸模拟

LAMMPS

(py)LIon: A package for simulating trapped ion trajectories
2021年LAMMPS官方workshop开始
2021年末总结
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2021材料大会LAMMPS相关海报(2)
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3d-Crack模拟
5年实验+3年模拟:纳米孔道钨薄膜中的氦行为研究
AACSD:国产晶体结构、缺陷分析软件
AMD Zen2架构处理器性能调优
ATOMSK进行charge体系建模
Atomsk与Voronoi多晶建模
Atomsk建模系列教程1:软件安装
Atomsk建模系列教程2:不同晶格类型晶体建模
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Atomsk建模系列教程4:单壁CNT建模
Atomsk空位缺陷建模技巧
Building metal alloy for LAMMPS using Atomsk
Carbon Foam的模拟
CascadesDB:辐照模拟数据库
DPD of surfactant self assembly using LAMMPS
DeepMD势函数训练讲解
ERROR: Bond atoms xxxx xxxx missing on proc x at step xx
Electron Emission(bulk and 2D materials)
Energy vs Lattice
GRO2LAM:gromacs与lammps之间的转换工具
High-Resolution Space Group Diagrams and Tables
INTEL加速教程及GPU加速补充
JAMIP:一款国产开源功能材料设计软件包
L-J势参数获取脚本BUG说明
LAMMPS Nanoindentation Tutorial
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LAMMPS 教程之 molecule command 分子模板解析和举例
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LAMMPS中Tersoff等的势参数文件格式简介
LAMMPS中的能量最小化操作
LAMMPS做聚合物方向的模拟
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LAMMPS入门教程(2)——从in文件建立讲分子动力学模拟流程
LAMMPS入门教程(3)——从in文件建立讲分子动力学模拟流程
LAMMPS入门教程(4)——LAMMPS并行版编译和运行
LAMMPS入门讲解
LAMMPS出错分析
LAMMPS初学者教程(小结)
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LAMMPS命令建模模板的完善(有修正)
LAMMPS命令建模的一个小BUG
LAMMPS命令建模示例(1)
LAMMPS命令建模示例(2)
LAMMPS命令建模示例(3)
LAMMPS命令建模示例(4)
LAMMPS命令构建分子模型
LAMMPS和VASP初级使用教程
LAMMPS回到未来计划
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LAMMPS学习系列(33):“幽灵”探针
LAMMPS学习系列(34):动态纳米压痕
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Lammps使用经验谈之MATLAB后处理接口(勘误)
Lammps并行版安装教程:Ubuntu系统
Lammps模型构建的方法之一:组合模型构建
Lammps经验谈之opls-aa一文的补充说明
Lammps经验谈之一个读log文件的m文件
Lammps经验谈之基于matlab的数据前处理
Lammps经验谈之指令解密之施加电场
Lammps经验谈之指令解密之电极设置
Lammps经验谈之指令解密之输出相互作用
Lammps经验谈之指令解密之锯齿形设置
Lammps经验谈之有机小分子建模及opls-aa力场使用
Lammps经验谈之自动接续执行不同in文件小技巧
Lammps经验谈之输出输出图片及视频
Lammps经验谈之追踪个别原子运动轨迹
Lammps经验谈之部分依赖包的安装
Linux命令以及vi教程
MD势能精讲第一篇:Lennard-Jones potential
MD势能精讲第二篇:EAM potential
MD模拟大牛:MIT李巨教授
MD模拟时常用系综与对应脚本
MD模拟时部分初始参数值的设置原则
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MD经典书籍介绍
MD获取拉伸应力的两种方式及其转换关系
MD计算单原子温度:理论与代码
MD计算单晶Al广义堆垛层错能
MPDI Coatings (IF: 2.881) 特刊征稿
MS vs MD
MS建模后快速导出LAMMPS可读取的格式
MS构建水分子层并修改为lammps可读取的data文件的详细步骤
Materials Studio多层聚合物的构建及data文件导出
Materials studio中的简单聚合物的建立及盒子的弛豫
Mishin大神教你用机器学习构建势
Molecular dynamics simulations of iron-cementite nanoparticles
NEMD 温度梯度不正常或者Fix ehex kinetic energy went negative
NEMD方法计算热导率之langevin控温法
NEMD过程 热源冷源有一端温度不下降或不上升
NEMD遇到了热流不稳定,温度梯度不够好,能量不守恒该怎么办?
Nature子刊:加速高熵合金的设计(速度远超mcsqs,含源码)
Non-numeric box dimensions - simulation unstable 错误原因及解决办法
Nonequilibrium free-energy calculations of fluids using LAMMPS
OVITO。。。。不做图系列(1)
OVITO中Dislocation analysis的用法
OVITO中Displacement vectors的用法
OVITO中文版手册
OVITO作图系列(5)
OVITO作图系列(6)
OVITO作图系列(小结)
OVITO后处理表征晶界迁移
OVITO后处理计算位错速度
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OVITO导出非晶原子个数
OVITO绘制文章级别的原子运动轨迹线
OVITO缺陷分析视频教程
OVITO:Python Script Modifier
OVITO:操作介绍
Ovito中多晶材料晶粒分析方法介绍
Ovito做图系列(8)
Ovito出图小妙招
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Ovito如何统计键角信息?
Ovito绘制原子运动轨迹
PPT必备:中国传统颜色的网站
PyLAT: Python LAMMPS Analysis Tools
Python scripts for performing hybrid Monte Carlo with LAMMMPS
Pytim: A python package for the interfacial analysis
ReaxFF力场之Qeq电荷计算参数验证
ReaxFF力场之键结参数验证-对比DFT和ReaxFF
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ReaxFF反应力场参数开发软件GARFfield下载和安装
ReaxFF开发之GARFfield软件基本使用
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Relaxation时在NVE系综下,total energy 一直上升的问题 2.0
SCI论文引言要这样写,有仙剑味道的引言谁不爱呢
Simon Gravelle大神最新教程:教你用vmd做高分辨图
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Surface Field Emission in 2D Materials
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Using Ovito to Analyze a MD Simulation for Dislocation Velocity
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VScode终极设置:永久自动识别lammps in文件方法
Windows系统下Lammps自动接续执行不同in文件
YouTube高赞MD模拟:一个简单又复杂的高压结晶模拟
[lammps后处理]温度云图的绘制
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[lammps教程]OVITO绘制位移云图及矢量图
[lammps教程]OVITO绘制原子应力云图
[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线
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[lammps教程]分享一个比较实用的lammps/in文件模板
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[lammps案例分享]核壳结构破裂行为
[lammps第七讲] 经典案例—石墨烯单轴拉伸
[lammps第三讲] delete_atoms命令实现球壳结构建模
[lammps第九讲] 复合材料/层合板结构建模
[lammps第二十一讲]lammps动态负载均衡
[lammps第二十讲]lammps二维维度模拟裂纹扩散
[lammps第二讲] region命令实现六面体核壳结构建模
[lammps第五讲] lammps建立纳米管模型
[lammps第八讲] 合金拉升模拟
[lammps第六讲] set命令建立高熵合金模型
[lammps第十一讲] lammps多孔结构
[lammps第十七讲]lammps统计原子个数
[lammps第十七讲]铁球自由落体及回弹分子动力学模拟
[lammps第十三讲]胶囊核壳结构建模/附OVITO渲染详细过程
[lammps第十九讲]lammps原子沉积实例教程
[lammps第十二讲]NiZr合金熔化及凝固lammps模拟
[lammps第十五讲]lammps输出MSD(均方根位移)详解及示例教程
[lammps第十八讲]wall/gran/region命令实现漏斗功能
[lammps第十六讲]高熵合金熔炼过程分子动力学模拟
[lammps第十四讲]lammps输出RDF(径向分布函数)详解及示例教程
[lammps第十讲] CuNi合金熔化模拟
[lammps第四讲] 复杂形状建模——胶囊粒子分子模型
[lammps高阶案例]编织结构建模
[分子动力学模拟资料]几种常用力场参数网站及LJ参数计算
data文件获取之VMD软件
fix atom/swap command的详解
fix phonon命令中map_file文件的获取
fix wall/reflect命令实现“振动墙”效果
for their discoveries of receptors for temperature and touch
in和data之SPC/E模型下水的表面张力计算
in和data之三层石墨烯表面水块
in和data之不同速度不同压力环境中的液滴对撞
in和data之二元液滴撞击壁面自发移动的多体耗散粒子动力学模拟
in和data之全氟聚醚OPLSAA力场生成工具
in和data之分子刷表面润湿模拟
in和data之剪切作用的两种实现方法及对比—Deform以及Velocity
in和data之单轴压缩-应力应变曲线以及弹性模量计算
in和data之多孔纳米通道简单液体渗透模拟
in和data之小分子有机半导体的沉积的LAMMPS模拟
in和data之巨正则蒙特卡洛—甲烷和二氧化碳的竞争吸附GCMC
in和data之建模软件Enhanced Monte Carlo (EMC)
in和data之循环定压比热熔计算
in和data之拉伸、压缩、剪切、弯曲、扭转
in和data之摩擦磨损还是摩擦焊的LAMMPS模拟
in和data之有机分子热分解的ReaxFF模拟及活化能计算
in和data之有趣的纳米“通道”—Lammps实现循环不同压痕深度
in和data之氯化钠NaCl熔盐粘度和扩散系数模拟
in和data之水分子穿孔扩散的分子动力学模拟
in和data之水泥体系的钙矾石拉伸的LAMMPS模拟
in和data之水溶液环境下离子液体在带电表面的吸附模拟
in和data之水蒸气凝结的分子动力学模拟
in和data之水铜纳米流体Green-Kubo计算热导率和粘度
in和data之水铜纳米流体RNEMDS方法计算热导率和粘度
in和data之沟槽表面固液气三相润湿
in和data之油水界面的耗散粒子动力学模拟
in和data之环氧树脂reaxff力场拉伸模拟
in和data之石墨烯包裹纳米颗粒模拟
in和data之石墨烯平板间[BMIM][PF6]离子液体
in和data之硫化氢H2S表面张力模拟
in和data之磁控颗粒输运液滴-LAMMPS模拟
in和data之简单液体的纳米气泡形成
in和data之粗糙表面的润湿行为模拟
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in和data之聚乙二醇溶液
in和data之计算多体耗散粒子动力学(MDPD)中液体的粘度
in和data之超临界CO2驱替方英石纳米孔道内十二烷
in和data之铁球在铁基底上摩擦的分子动力学模拟
in和data之铝块的单轴压缩分子动力学模拟
in和data之铝粉锻造LAMMPS模拟
in和data和lt之一氧化碳CO多孔壁面上吸附和扩散
in和data文件之FENE模型模拟高分子在微结构表面流动
in和data文件之NaCl溶液液滴撞击固体表面
in和data文件之冰块在阵列碳纳米管表面脱附过程的分子动力学模拟
in和data文件之十六烷扩散系数和回转半径模拟
in和data文件之固体颗粒非牛顿悬浮液耗散粒子动力学(DPD)模拟
in和data文件之多体耗散粒子动力学(MDPD)表面张力模拟
in和data文件之水滴润湿模拟-建模篇
in和data文件之泰勒-库艾特流动MDPD模拟
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in和data文件之液滴非均匀撞击润湿的多体耗散粒子动力学模拟
in和data文件之离子液体建模教程
in和data文件之简单液体流动传热
in和data文件之简单液体边界滑移和热阻模拟(1)
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in和data文件之纳米水泡的分子动力学模拟
in和data文件之纳米水滴在沟槽表面撞击润湿模拟
in和data文件之纳米流体(水+铜纳米颗粒)LAMMPS模拟
in和data文件之纳米螺旋桨傻傻模拟
in和data文件之聚氨酯中CO2气泡膨胀对聚氨酯形状的影响
in和data文件之聚氨酯铝块三明治结构拉脱和剪切
in和data文件之金属铜纳米压痕模拟
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in和data文件之铜块单轴拉伸到断裂
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in和data文件之镍圆柱撞击镍圆柱三种模拟设置
in和data文件之长链聚合物data文件生成
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in和data注射器的多体耗散粒子动力学模拟
in和data纳米流体基本传热性质模拟
in文件之热导率比热和粘度的计算命令
in文件搜集:Si-Ar-Si heat transfer example
in文件的命令解析规则
in文件:Coarse Grained Water Simulation
in文件:Crumpling of a Graphene sheet
in文件:Ice melting simulation
in文件:Intrinsic-Stacking-Fault-Energy
in文件:Polymer reptation (Lammps simulation)
in文件:Silicon High Temperature Nano-indentation via LAMMPS
karl大神课题组网站(提供了一些与LAMMPS相关的小工具)
lammps 2个温度修正命令,使模拟结果更精确
lammps npt系综iso和aniso控压对比
lammps 常用势函数设置方法
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lammps 手册及不同版本下载备用地址
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lammps 调用python 和 shell
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lammps不同类型data文件格式对比,以及不同类型data文件相互转换方法
lammps中eam势在Xeon Platinum 8171M/RTX3060/RTX3080Ti计算速度对比
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lammps分子快捷分组方法介绍,氧化石墨烯+水体系平衡模拟案例
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lammps如何排除两原子之间的受力,加快模拟速度,节省模拟时间
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lammps小技巧:如何把模拟结果单独存到一个文件夹
lammps常用命令详解
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lammps常见设置误区:“刚体”和“固定”命令分不清
lammps建模专题(1)
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lammps教程:刃型位错线Atomsk建模方法详解
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作者: 得意喵~